​​شرایط خدمات شبیه سازی دینامیک مولکولی

فایل‌های مورد نیاز:
۱. خروجی داکینگ با فرمت pdb. که شامل کمپلکس لیگاند:پروتئین باشد.(در صورتی که درخواست برای شبیه سازی پروتئین:لیگاند باشد). در غیر این صورت فایل pdb پروتئین مورد نیاز است.
۲. در صورتی که درخواست برای شبیه سازی غشا باشد، نیاز است تمامی اطلاعات مربوط به تعداد لیپیدها در لایه‌ی بالایی و لایه‌ی پایینی به تفکیک ارسال شوند. در صورت نیاز به هرگونه اطلاعات بیشتر، حتما قبل از انجام پروژه آن را به اطلاع کارشناسان برسانید.
۳. فایل های خروجی پروژه شامل:

فایلهای XTC, .TPR, .GRO. با حذف اثر PBC.

فایل مربوط به آنالیزهای پایه برای شبیه سازی‌های پروتئین و پروتئین لیگاند.

آنالیزهای پایه شامل: RMSD, RMSF, Rg, H-bonds, distance
*** در صورت نیاز به هر آنالیز دیگر پیش از شروع پروژه و در فرم استعلام قیمت به اطلاع کارشناسان برسانید.