جهت ارزیابی، طراحی و انجام پروژه داکینگ مولکولی با بالاترین دقت، لطفاً اطلاعات زیر را در اختیار ما قرار دهید:
۱. تعداد لیگاندها.
۲. تعداد آمینواسیدهای پروتئین.
۳. تعداد اتمهای هر لیگاند.
۴. آیا جایگاه اتصال پروتئین مشخص است؟
نکته: در صورتی که محل اتصال مشخص نباشد، زمان تحلیل و دقت محاسبات تحت تأثیر قرار میگیرد و نیاز به جستجوی گستردهتری خواهد بود.
۵. برای شروع پروژه، ارسال فایلهای زیر ضروری است:
فایل PDB پروتئین.
فایل لیگاند در فرمت PDB. یا MOL2. .
۶. پس از پایان داکینگ، خروجیها به شکل استاندارد علمی ارائه میشوند:
جدول Binding Energy برای تمام کانفورماسیونها.
فایل کمپلکس پروتئین–لیگاند شامل تمام Poseها با فرمت قابل استفاده در نرمافزارهای ساختاری.